北京时间12月17日，2008年度亚冠联赛抽签正式揭晓，在这次分组中，北京国安无疑获得了一个上签，在他们所在的小组中，有两支来自东南亚的球队，而唯一能够对他们构成威胁的就是来自日本的鹿岛鹿角。而相比下，长春亚泰的分组无疑就要艰难的多，他们与来自到澳大利亚的阿德莱德联和韩国劲旅浦项制铁及越南的大南城分在同一小组。
亚冠E组： 长春亚泰、阿德莱德联、大南城、浦项制铁；
亚冠F组：北京国安、泰国银行、越南南定、鹿岛鹿角。
| 小组 | 球队一 | 球队二 | 球队三 | 球队四 |
| A组 | 塞帕罕(伊朗) | 库鲁奇队(乌兹) | 伊蒂哈德队(沙特) | 伊蒂哈德队(叙利亚) |
| B组 | 瓦赛尔队(阿联酋) | 塞帕(伊朗) | 科威特体育队 | 空军队(伊拉克) |
| C组 | 萨德队(卡塔尔) | 瓦赫德队(阿联酋) | 卡拉麦队(叙利亚) | 艾赫里队(沙特) |
| D组 | 棉农(乌兹) | 哈里法队(卡塔尔) | 阿比尔队(伊拉克) | 卡迪西亚队(科威特) |
| E组 | 长春亚泰 | 阿德莱德 | 浦项制铁 | 越南平阳 |
| F组 | 泰京银行 | 北京国安 | 越南南定 | 鹿岛鹿角 |
| G组 | 墨尔本胜利队 | 春武里队 | 大阪钢巴 | 全南天龙 |
